有关人士表示：药材采收后，经一级一级的收购商采购、包装、贮藏、运输，导致每一批次药材的来源混杂，很难溯源。此外，在运输过程中，若包装、仓储条件不规范可能导致药材变质、污染，从而影响药材质量。流通环节中存在的种种问题正考验着中成药的质量。
因此行业内对实行药材流通追溯体系充满期待，但是大家也都明白，此项工作是任重道远。中药材生产、流通领域存在的诸多问题长期以来一直制约着整个中药市场的健康发展。而追溯平台的建设是一个系统的大工程，难以一蹴而就。应当从根本上抓好药材生产源头，进一步提高制药企业的诚信度，实行产品‘优质优价’，才能逐步提升中药产品的质量安全。该体系的实行主要面临以下难题：
一是执行力度有限。在原产地采购时，需要对每一份药材进行编码标注，这也是GAP的根本要求。但是在具体操作中，受传统作业及实际情况的多重制约，很难将该项要求真正落实。
二是缺乏准入标准和严格监管。中药材的生产、加工、包装、存储、运输等均没有相应的规范，以假充真、以次充好等违法违规行为是中药材流通领域存在的“硬伤”。
全面建立庞大的药材流通追溯体系工程不是一朝一夕的事，这就要求相关部门统筹安排，从资源调查做起，先行试点后再全国范围内推广，此外，也需要相关企业的积极参与和配合。
